JR貨物は1月19日、石北線上川～白滝間及び根室線新得～芽室間において橋梁流出等により複数の個所で不通となったが、その対応としてさまざまな対策を実施してきたが、その実施策を発表した。
＜北海道道東地区 台風被害に伴うトラック代行等イメージ＞
石北線不通対策として、トラック代行輸送を実施
した。区間は北見駅～北旭川駅間、輸送力は片道最大55個（5トンコンテナ換算）、実施期間は８月23日より9月30日まで。代行実績は2145個(北見駅→北旭川駅）、2145個（北旭川駅→北見駅）。
根室線不通対策として．トラック代行輸送を実施。区間は帯広貨物駅～札幌貨物ターミナル駅間、輸送力は片道最大200個（5トンコンテナ換算）。実施期間は9月５日～12月21日。代行実績は1万9540個（帯広貨物駅→札幌（タ）駅・5トンコンテナ換算）、1万7718個（札幌（タ）駅→帯広貨物駅・5トンコンテナ換算）。
船舶輸送では、定期RORO船を利用した。区間は釧路港～東京港間。輸送力は34個（5トンコンテナ、１船あたり）、運航期間は9月16日～12月20日。運航日は釧路港発 毎週火曜日・金曜日、東京港発は毎週日曜日・火曜日。輸送実績は936個（釧路港→東京港）906個（東京港→釧路港）。
チャーター船の利用は、区間が釧路港～八戸港間で輸送力最大80個（5トンコンテナ、1船あたり）。運航期間は9月15日～12月21日。運航日は毎日（日曜日除く）で、輸送実績は6011個（釧路港→八戸港）、5417個（八戸港→釧路港）となった。
区間列車の運転では、苫小牧貨物駅～熊谷貨物ターミナル駅間で行った。輸送力は片道85個（5トンコンテナ）、運転期間は9月17日～10月21日（隔日運転）、輸送実績は計1530個（苫小牧貨物駅→熊谷（タ）駅）だった。
その他、釧路貨物駅～帯広貨物駅間を一日2往復、八戸貨物駅～隅田川駅間を一日1往復も実施した。
8月23日から、利用運送事業者等と協力して実施したことで、通常時と比較し、一日当り最大67％の輸送力を確保した。
災害影響を受けた8月23日から12月22日の間、鉄道による北海道全体の発着貨物量は、農産物が災害により不作となった影響もあり、対前年比9％減（今年度184万トン）で推移した。
