スタートトゥデイは、物流分野でのコスト増加が進んでいる。
4月30日に発表した2014年3月期の物流費（荷造運搬費）は37億438万円で、前年同期比32.2％増と、売上高の伸び率10.1％増を大幅に上回る数値となっている。
このため、売上高における物流費比率も7.9％から9.6％の高まっている。
昨年10月に新物流施設が稼働したことに伴う賃借料（12億5000万円）、減価償却費の増加や、全商品送料無料化により出荷単価が低下したことに伴う荷造運賃の負担割合増加したもの。
但し、潜在需要に対する在庫の確保において一定の成果を上げ、ファッションEC業界内で顕在化しつつある在庫集約化が、商品取扱高の押し上げに繋がっている。
2015年3月期では、新物流拠点のコストが通年で計上されることから固定費の負担が増すものの、年間商品取扱高3000億円に耐えうる物流キャパシティを確立し、今後は業務効率化の促進にも取り組むとしている。
なお、3月24日より東京都、神奈川県、千葉県、埼玉県を対象に、即日配送サービスを1件500円（税込）でスタートしている。
